circRNA 分析¶

Warnning

当前脚本为过渡状态，后续可能有很大改动！

硬盘挂载¶

详情参考srWGS分析和硬盘挂载

样本申请¶

参考srWGS分析，仅需要将WGS改为RNA-Seq即可，默认会以reads数大于6M过滤样本。

数据传输¶

参考srWGS分析

数据分析¶

以存储节点为例

加载软件¶

module add bwa-mem2/2.2.1

module add samtools/1.18

module add ciri2/2.0.6

检查环境¶

检查config.py中的各项配置是否正常，第一次检查即可(后续可以考虑在builder中添加自动检查)

配置流程¶

参考srWGS分析，一般仅需要修改required_rules、wildcards和global_params

分析示例¶

screen -S circRNAtest_ssc_yhfu
micromamba activate snakemake
cd /public/home/idata/04Test/yhfu/circRNA/analysis
cp /public/home/idata/04Test/yhfu/circRNA/IAnimal_Pipeline/workflow/circRNA.yaml circRNA.yaml 
python3 /public/home/idata/04Test/yhfu/circRNA/IAnimal_Pipeline/pipeline_builder.py -c circRNA.yaml
cd work
snakemake \
         --executor cluster-generic \
         --cluster-generic-submit-cmd "sbatch --job-name={rule} --partition=cpu --cpus-per-task={threads} --mem={resources.mem_mb} --output=jobname_%j.out"\
         --keep-going --jobs 100

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Authors: Wind