apply_sample

样本申请接口¶

  在一般的DNA-Seq、RNA-Seq、miRNA-Seq、WGS等分析中均是以目录为单位，该目录下存有一个study中的所有run。

  本接口用于sample申请，将储存在硬盘或储存节点的run通过生成软连接的方式申请到指定目录，便于数据管理、分析的同时节省储存空间的占用

  本接口分为针对小批量测试数据和大批量处理数据两种生成方式，通过对接口提交需要生成run的列表进行制定小批量生成，大批量数据生成则是通过提交物种、组学、测序深度或者碱基数等信息进行筛选生成。

  接口路由：/Task/applysample/

接口参数及使用逻辑详解¶

save_path:希望所申请样本生成位置。
need_runs:用于小批量测试数据申请情况，该参数是列表的形式填入，如希望申请大批量数据，则此处需要填入空列表。
species:物种信息，用于大批量数据申请时，筛选数据。
tissue:组织信息，用于生成制定组织，如需生成该物种所有组织的run则此处为['all']，如此处不为['all']，则生成的样本将分类至各个组织名称的目录下。
omics:组学信息，用于大批量数据申请时，筛选数据。
depth:测序深度信息，用于大批量数据申请时，筛选数据。
reads:碱基信息，在测序深度信息填写为0时，用于大批量数据申请时，筛选数据。
custom_gs:基因组大小，建议设置0，选用配套文件自带的基因组大小。
sample_count:生成样本数量，无论是小批量测试还是大批量处理，如果需要全部生成，则此处填写0。
how_details:详细信息展示与否，如果为false则为不展示，如果为true则为展示。
worker:工作worker选择，若源文件存于硬盘，则硬盘挂在在那个节点，选用那个节点的worker，若源文件存于服务器则选择mu_01即可。

使用示例¶

  1、针对小批量测试数据
  仅需要填写**save_path**、**need_runs**和**ample_count**参数即可，其他参数可以忽略或者直接使用默认，即可生成的列表内的runs。

{
  "save_path": "/data02/idata/tmp_analysis/sample_apply",
  "need_runs": ["ERR4873403", "SRR7047056" ],
  "species": "Sus scrofa",
  "tissue": ["all"],
  "omics": "WGS",
  "depth": 5,
  "reads": 6000000,
  "custom_gs": 0,
  "sample_count": 0,
  "show_details": false,
  "worker": "storage_mu01_main"
}

  2、针对大规模批量数据

{
  "save_path": "/data02/idata/tmp_analysis/sample_apply",
  "need_runs": [],
  "species": "Sus scrofa",
  "tissue": ["all"],
  "omics": "WGS",
  "depth": 5,
  "reads": 6000000,
  "custom_gs": 0,
  "sample_count": 0,
  "show_details": false,
  "worker": "storage_mu01_main"
}