Ontology管理¶
Ontology信息存在两个文件中，其中ontology文件存放本体的树状层级关系：
| ontology | parent | level |
|---|---|---|
| viscus | NULL | 1 |
| blood | cardiovascular system | 2 |
| blood vessel | cardiovascular system | 2 |
ontology_dict文件则包含的字符串描述 raw_string对应的ontology及数量：
| raw_string | ontology | count |
|---|---|---|
| liver (n=3 mice) | liver | 99 |
| mouse liver injected with mc38 and with hek293t spike in | liver | 10 |
| liver total rna | liver | 3 |
Ontology初始化¶
考虑到Ontology仅需初始化一次，目前仅提供 /Test/init_data接口触发所有数据的初始化。
Ontology更新¶
比对本地和线上ontology的差异并将新增结果上传至线上。
#具体参数见--help
python ./ontology/ontology_update.py -o tissue_ontology.txt -d tissue_ontology_dict.txt -n tissue
Warning
当前使用通用接口，线上数据较大的时候，速度会非常慢(3min每10万条)，请耐心等待！
Ontology预标注¶
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