新增软件¶

Easybuild安装¶

手动安装¶

以bwa-mem2为例演示如何安装配置软件

下载软件¶

源代码建议保留一份至/public/software/module/sources，建议为每个软件创建一个目录，这里仅用于备份

#下载软件源代码
mkdir /public/software/module/sources/bwa-mem2
cd /public/software/module/sources/bwa-mem2
wget https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2/releases/download/v2.2.1/bwa-mem2-2.2.1_x64-linux.tar.bz2

编译软件¶

源代码建议保留一份至/public/software/module/build，这里仅仅编译过程的暂存区，一般情况下为空目录

cd /public/software/module/build
cp -r /public/software/module/sources/bwa-mem2/bwa-mem2-2.2.1_x64-linux.tar.bz2 ./
tar -jxvf bwa-mem2-2.2.1_x64-linux.tar.bz2

配置软件¶

将编译好的二进制移动到/public/software/module/software，建议为每个软件的每个版本创建一个目录

mkdir -p /public/software/module/software/bwa-mem2/2.2.1
mv /public/software/module/build/bwa-mem2-2.2.1_x64-linux/* /public/software/module/software/bwa-mem2/2.2.1/
##删除编译的暂存文件
rm -r /public/software/module/build/bwa-mem2-2.2.1_*

随后在/public/software/module/modules/bio中配置modulefile，建议为每个软件创建一个目录，文件名为版本号

vi /public/software/module/modules/bio/bwa-mem2/2.2.1

#%Module
proc ModulesHelp { } {
    puts stderr { 
        The tool bwa-mem2 is the next version of the bwa-mem algorithm in bwa. - Homepage:https://github.com/dslarm/bwa-mem2
    }
}

module-whatis {Description: 
        The tool bwa-mem2 is the next version of the bwa-mem algorithm in bwa. - Homepage:https://github.com/dslarm/bwa-mem2
}

set root /public/software/module/software/bwa-mem2/2.2.1/
conflict bwa-mem2
prepend-path    PATH            $root

Note

上述步骤分为了源代码备份、编译以及配置三部分，看着比较繁琐，其实很多软件不需要这么复杂，这里之所以这么建议是希望大家养成好的习惯，不要用到哪里装到哪里，时间久了环境会很乱！

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Authors: Wind